据中国载人航天工程办公室消息，北京时间 9 月 16 日 8 时 56 分，神舟十二号载人飞船与空间站天和核心舱成功实施分离。分离前，航天员乘组在地面科技人员的配合下，完成了空间站组合体状态设置、实验数据整理下传、留轨物资清理转运等撤离前各项工作。
截至目前，神舟十二号航天员乘组已在空间站组合体工作生活了 90 天，刷新了中国航天员单次飞行任务太空驻留时间的纪录。据此前《北京日报》客户端消息，神舟十二号将于 9 月中旬返回着陆，并不再使用过去常用的四子王旗主着陆场，而是在东风着陆场着陆，这将检验在复杂地形下的搜索救援能力。
